Nhằm đáp ứng nhu cầu đối với nguồn nhân lực nhận thương mại điện tử, sau thời gian chuẩn bị, năm 2005 Khoa Thương mại điện tử được thành lập. Sự ra đời của Khoa gắn liền với việc khai sinh một Chuyên ngành đào tạo mới của Trường Đại học Thương mại – Chuyên ngành Quản trị Thương mại điện tử thuộc ngành Quản trị kinh doanh. Trường Đại học Thương mại là trường đại học đầu tiên trong cả nước mở chuyên ngành và thành lập khoa chuyên ngành thương mại điện tử.

Sau 4 năm vừa xây dựng và trưởng thành, dưới sự quan tâm, chỉ đạo sát sao của lãnh đạo Nhà trường, tập thể giáo viên, cán bộ quản lý đã không ngừng phấn đấu, rèn luyện về mọi mặt và hoàn thành tốt các nhiệm vụ được giao, trong đó các nhiệm vụ trọng tâm là hoàn thiện hệ thống chương trình, bài giảng, giáo trình và tài liệu các môn học, tiến hành đào tạo đại học chính quy, đào tạo ngắn hạn cho doanh nghiệp và nghiên cứu khoa học, chuyển đổi nội dung, phương pháp đào tạo nhằm chuyển đổi thành công sang đào tạo theo học chế tín chỉ theo chủ trương của Nhà trường.

Hiện nay, Khoa Thương mại điện tử đang được giao nhiệm vụ tổ chức quản lý chương trình đào tạo chuyên ngành Quản trị Thương mại điện tử hệ đại học chính quy và Bằng 2 vừa học vừa làm. Số lượng sinh viên được đào tạo tăng qua các năm, với 230 sinh viên chính quy khóa đầu tiên (2005-20009) và 350 sinh viên khóa thứ 5 (2009-2013).

Đội ngũ nhà giáo và cán bộ quản lý giáo dục không ngững lớn mạnh, tăng lên về số lượng và chất lượng. Tính đến thời điểm tháng 10 năm 2009, toàn bộ CBCC Khoa bao gồm 30 người, trong đó 29 giáo viên và 1 chuyên viên quản lý. Trong số 30 CBCC, phân theo trình độ có 3 PGS.TS, 3 NCS tiến sỹ, 5 ThS, 5 giáo viên đang theo học cao học và 14 cử nhân.

Trong quá trình tổ chức, quản lý đào tạo, Khoa luôn chú trọng tạo điều kiện và khuyến khích sinh viên tiếp cận với thực tiễn kinh doanh thông qua sự tham gia hoạt động giảng dạy của các nhà hoạt động thực tiễn kiêm nhiệm giáo viên, thông qua các hoạt động giao lưu, tham quan thực tế, qua công việc part-time của sinh viên tại các doanh nghiệp kinh doanh điện tử…

Sinh viên Khoa Thương mại điện tử đã tỏ rõ sự năng động và yêu chuyên môn, ngành nghề. Nhiều sinh viên đạt giải cao trong các cuộc thi về thương mại điện tử Bộ Công Thương tổ chức. Không ít sinh viên đã trưởng thành, khẳng định được năng lực, vị thế của mình và trở nên thành đạt trong hoạt động kinh doanh ngay từ khi còn ngồi trên ghế nhà trường. Tuyệt đại đa số (85-90%) trong số 200 sinh viên tốt nghiệp khóa đầu tiên vào  tháng 6/2009 đã có việc làm theo đúng chuyên môn, ngành nghề.